In Stalker: Shadow of Chernobyl trifft man immer wieder mal auf sogenannte "Anomalien". Dies sind sozusagen Zonen in der Zone, die für alle Stalker eine große Gefahr bedeuten. Man kann Anomalien nicht bekämpfen, nur umgehen, oder versuchen sie mit spezieller Schutzausrüstung auszumachen und durch sie hindurch zu gelangen.
Schwerkraft-Anomalie (Komarinaya Plesshh):
Hierbei handelt es sich um eine konzentrierte Schwerkraft an einer bestimmten Stelle in der Zone. Beispielsweise gibt es dort gewisse Stellen die so stark werden, dass Gebäude einstürzen und Lebewesen zerissen werden. Man kann diese Anomalie durch Risse im Boden oder verbogene Gegenstände aus Metall feststellen.
Rost (Rjaviye Volosui):
In solchen Bereichen verrosten alle metallischen Gegenstände viel schneller als normal. Fasst man diesen Rost an, so fängt der Körper an zu rauchen und schwarz zu werden.
Nebel (Tuman):
Beim ersten Hinblick sieht dieser Nebel aus wie jeder andere. Doch die in ihm enthaltene Säure kann ätzend für Haut, Haare und Augen sein. Gelangt man in solch einen Nebel ohne Schutzanzug oder Gasmaske, so ist man auf der Stelle tot.
Fleischwolf (Myasorubka):
Solche Zonen laden sich selbständig auf und können sich an Lebewesen plötzlich wieder entladen. Solche Bereiche können nur betreten werden, wenn sie entladen sind.
