Gebäude sind ein essentieller Bestandteil der Planetengestaltung. Die Anzahl der Gebäude ist durch die jeweilige Planetengröße begrenzt. Jedes Gebäude beansprucht ein Feld, weshalb man nur so lange bauen kann, bis alle Felder des Planeten belegt sind. Danach kann der Planet durch Terraforming vergrößert werden um zusätzlichen Bauplatz zu gewinnen. Falls nötig, können Gebäude auch abgerissen werden, um die entsprechenden Felder auf dem Planeten wieder nutzbar zu machen. Bei Space Pioneers ist es möglich, Gebäude folgender Kategorien zu errichten:
Minen
Energiegewinnung
Raumschiffproduktion
Forschung
Produktivität
Spezialgebäude